Pejabat Hal Ehwal Dalam Negeri dan Penyelidikan telah ditubuhkan pada sekitar tahun 70an di bawah Jabatan Ketua Menteri. Pejabat ini telah dipertanggungjawabkan untuk menjaga kepentingan Negeri terhadap hal ehwal Imigresen, isu keselamatan dan ketenteraman awam di Negeri Sabah. Sehinggalah pada tahun 2003, Pejabat Hal Ehwal Dalam Negeri dan Penyelidikan telah digabungkan dengan Bahagian Penempatan Pelarian, Jabatan Ketua Menteri. Bahagian Penempatan Pelarian berfungsi untuk menyediakan dan mengawal selia penempatan kepada pelarian-pelarian perang selatan Filipina dengan kerja sama pihak United Nations High Commissioner for Refugees (UNHCR). Di samping itu, Bahagian ini juga melakukan gerakan-gerakan banci atau pendaftaran ke atas pelarian dan pendatang asing tanpa izin di Sabah bermula pada Januari 1977. Pada tahun 2022, Pejabat ini telah diberi tanggungjawab baharu untuk melaksanakan pendataan digital warga asing di Negeri Sabah. Susulan daripada itu, pendataan warga asing telah mula dilaksanakan pada penghujung tahun 2022 sehingga kini. Tangggungjawab baharu ini memerlukan penstrukturan semula dan pengukuhan perjawaatan dilaksanakan untuk memastikan tugasan dapat dilaksanakan dengan jayanya.